食品加工是潔凈室行業的一小部分，但它是穩步增長的一部分。由于食品工廠總支出以6%的速度增長，潔凈室支出增速快于資本支出，未來幾年潔凈室支出將以每年8%的速度增長。

亞洲將迎來更高的發展水平。東亞是食品加工無塵室更大的市場，其中一些應用于無塵室。中國正日益成為食品加工出口大國。更重要的是，在美國，隨著飲食習慣的改變，這個市場正在迅速發展。但不發達的亞洲仍有重大發展。

到2015年，印度的食品加工業預計將增長三倍，其他亞洲也在擴大食品加工業。亞洲和歐洲今年在食品加工無塵室上的花費將超過北美自由貿易協定。歐洲正在以溫和的速度增長，但許多食品加工廠已經有了無塵室。幾個趨勢促使在各種食品加工中使用無塵室。人們越注重飲食，就越注重普通食品的質量，增加新鮮食品的消費。與此同時，另一個大的變化是盡量避免使用添加劑和防腐劑。

經過處理和改變其正常補充的食品特別容易受到環境微生物的腐蝕。例如酸奶、奶酪等乳制品、果汁、調味牛奶和主菜。蘑菇的生長有時在潔凈室內進行，以防止條件致病性孢子的過度生長。

果汁
無菌產品已經占領了單包裝(250毫升)果汁和飲料市場。該市場正在擴大到其他產品線，包括牛奶和飲料、葡萄酒、水和番茄產品和一升包裝。

乳制品
在瑞士，酸奶、無菌牛奶或奶酪的加工過程中經常使用無菌處理，在瑞典，香腸包裝中也經常使用無菌處理。一些大型設施需要10萬或更多(ISO8和9)。在美國，杰羅姆奶酪在愛達荷州杰羅姆建立了一個3600萬美元的乳制品和乳清產品工廠，占地14萬平方英尺。工廠有四個主要的加熱和空氣系統，每分鐘可輸送13萬立方英尺的空氣，過濾效率高達95%，每小時換氣15到20次。潔凈室是正壓的，空氣從處理區向外流動。

公用及商用廚房
在有很多食物要準備的地方，更好使用潔凈室技術。在法國亞眠，蘇爾澤為中央廚房設計了一間干凈的房間，每天為學校里的學生、老人和城市雇員準備12000頓飯。蘇爾澤擁有ISO 5級(100級)潔凈室，以及必要的加熱和冷藏所。

啤酒廠
啤酒廠發現，為了保護生啤酒，必須在灌裝過程中控制環境污染。潔凈室采用密閉灌裝作業，HEPA過濾器安裝在天花板上，地板帶孔已成為發展趨勢。南美哥倫比亞污染控制公司是一家為食品、醫藥、工業領域營造清潔環境的專業公司。公司設計增加了ISO 5(100級)和ISO 6(1000級)潔凈室，用于啤酒、果汁和汽水的無菌灌裝。

在傳統的系統中，采用隧道式巴氏殺菌法對產品在各種高溫下進行處理，改變產品的物理性能。而采用低熱處理對受控的巴氏滅菌法進行滅菌，可以從幾個方面提高產品質量。在啤酒中，可以改善香氣風格和新鮮度等感官特性。還可以提高大部分產品的穩定性，延長貯存期。但是，它可以避免長期高溫處理，如管道酒吧消毒，所以不會造成營養損失。結果:提高了其風味、口感和色澤的感官性能。

肉類加工
聯邦農業部的一項研究表明，在美國，不到5%的孕婦，李斯特菌會導致胚胎死亡。即食肉制品市場的擴大是增加潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先驅。

面包店
面包店現在逐漸接受潔凈室技術。日本有很多這樣的例子。受神戶Nada ward合作機構委托，千代田建筑有限公司設計了一個通用食品工廠。工廠位于神戶六甲島，建筑面積3000平方米，共8層，采用清潔技術。